自从垂直农场的概念提出之后，围绕它的争论从来没有停止过。支持者认为，这种生产方式可以更有效地利用空间、提升农作物生长效率。然而，一些环保主义者认为，把农作物放入建筑物，用发光二极管（LED）帮助植物进行光合作用，需要耗费大量资源，并且城市的功能是有限的，不能把城市的功能无限放大。尽管垂直农场为城市发展和农业发展提供了一种新的模式，但目前它还处于概念开发和实验设计阶段。有一些瓶颈需要克服，主要表现在下面几方面：
        垂直农场建设的最初投资金额相对较高。据估算，建设一个最小、最简单的垂直农场也需要两亿美元。由此可见，建造一个真正的垂直农场需要巨大的财力支持。
经营者需要学习系统整合和农场发展的技术。必须先建造一个小型的垂直农场作为试点，来进行各种技术的研究和实验。特别是对于不同楼层的农作物要获得相同的光照、水分、养分等，需要科学地计算。垂直农场不同于传统的农业耕种，它更加依赖于科学技术的支持和人才的储备，需要寻找并培训合格的现代农民，使他们能够应对复杂而缜密的内部操作系统。
       与传统农业文化的传承有冲突。历经千百年发展起来的农业技术体系和知识体系，是传统文化的重要组成部分，凝聚着世世代代劳动人民的智慧。随着垂直农场的发展，可能会带来传统农业文化的消逝。 
        公众对于垂直农业还存在着疑虑。例如，人们会担心垂直农场长期潮湿的条件会使建筑结构受到锈蚀，在垂直农场中饲养动物会增加公众对于卫生条件的担心，污水处理后用于灌溉会否引发安全问题，垂直农场的实际规模效益究竟如何等。

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